文部科学省が特別支援学校（特支）に通う生徒を「１８歳人口」に含めずに大学進学率を算出していた問題で、文部科学省は昨年１２月２６日、算出法を改めた上で、２０２５年度の学校基本調査の結果（確定値）を発表した。

除外した算出は遅くとも１９７１年に始まったことも判明。また、学校保健統計など１５の調査についても特支の児童生徒が対象から除外される例などがあったとし、次期調査までに改善する方針という。
松本洋平大臣は同日の会見で「長年にわたり問題点の認識に至らず、漫然とその状態を放置していたことは大いに反省をしなければならない。心よりおわび申し上げる」と謝罪した。

文科省は従来、大学の入学者数を３年前の中学校の卒業者数で割って大学進学率を算出してきた。その分母に特支中学部の卒業者数が含まれていなかったことが１２月、毎日新聞の報道で分かった。

文科省の算出方法は特支の生徒を「存在しないもの」としたとも受け取れる。そのため、国会でも「差別的除外だ」とする批判が上がり、高市早苗首相が「申し訳なく思う」と陳謝していた。

文科省の検証の結果、学校基本調査で不適切な算出をしていたのは、大学や高校、短大などへの進学率のほか、中卒・高卒就職率など計１１項目。それぞれ、特支の卒業者数や在籍者数を適切に算入しておらず、文科省は過去にさかのぼってデータを修正した。